Notre église actuelle remplace celle qui existait au bas du village à l'époque mérovingienne sous Clothaire II.
De cette époque on a retrouvé une partie de la pierre tombale du prêtre "Agapius" mort en 608 : cette pierrre a été fixée au fond de l'église actuelle. A cette époque, l'église du village (XIIe siècle) se situait sur la route entre Belmont et Le Bouchet, en face de l'actuelle ferme Alexis Goy. Comme il était d'usage alors, le cimetière entourait l'église et l'on a retrouvé des tombes à cet emplacement : tous les corps étaient ensevelis dans des dalles de pierre et tournés au Levant. Dans un champ, près de cette ancienne église aujourd'hui disparue existe une vierge érigée en 1860 par le Capitaine J. GOY en hommage à la vierge de la Fontaine pour son action protectrice lors d'une épidémie. Au bourg il n'y avait que la chapelle du prieuré de bénédictins dépendant de l'Ile Barbe, ce prieuré où vivait une dizaine de moines fut confirmé en 1183 par le pape Lucius XIII ; la mairie actuelle faisait partie du prieuré, des vestiges du mur d'enceinte sont encore visibles du côté Est.
En 1865, la chapelle passe des Bénédictins aux Carmes déchaussés. A la révolution de 1789 les deux cloches furent descendues du petit clocher pour être fondues à Vienne. En 1842, Chavanoz était une paroisse très pauvre, lorsque l’évêque Philibert de Bruillard y envoya le Père Jules Varnoux en lui disant «  Je vous donne la mission bien difficile d’agrandir l’église mais de grâce, conservez lui son cachet d’Antiquité ». Le Père Varnoux, encouragé par le Curé d’Ars, entreprit et réalisa un travail considérable, grâce à la générosité et au concours bienveillant de plusieurs familles de la commune et des Révérends Pères Chartreux. Mais il altéra le cachet de l’édifice en transformant dans un style gothique plus apprécié à cette époque. Le clocher précédemment au centre du choeur fut déplacé sur le côté droit de l’église et surélevé. Les autels furent restaurés, les chapelles agrandies. L’église fut elle même surélevée, la sacristie créée.
En juin 1876 l’église de Chavanoz fut inaugurée par l’évêque de Grenoble, Monseigneur Fave. Cette église paroissiale abrite une remarquable collection d'objets de culte : chasubles, patènes, ciboires et ostensoirs témoignent de la foi des Chavanoziens.